Svante Pääbo, Neandertalczyk. W poszukiwaniu zaginionych genomów, Prószyński i S-ka 2015.

Ze względu na okres trwałości DNA nie można oczekiwać, że zbadany zostanie np. genom gatunku Homo erectus, który dawno zniknął z powierzchni Ziemi. Trwałość DNA szacuje się różnie, bo w różnych warunkach spoczywały odkrywane szczątki. Większość badaczy podaje granicę 100 tysięcy lat. Do niedawna jedynym oznaczonym archaicznym genomem był neandertalski (30 tys. lat temu), a jak trudne jest badanie podobnie starych szczątków, opowiada najwspanialszy badacz a-DNA (archaicznego DNA), Svante Pääbo. W każdej badanej przez zespół Pääbo próbce (kości) DNA neandertalski stanowił nieznaczną frakcję, toteż końcowy wynik analizy zależał od wirtuozerii badacza, a także wyrafinowania metod laboratoryjnych. Zespół Pääbo uczestniczył również w analizie szczątków człowieka z ałtajskiej Denisowej Jaskini, w której obok kości neandertalskich odkryto szczątki nowego dla nauki gatunku Homo denisovan. Powiedzieć szczątki to za dużo: pierwszej analizy genomu dokonano z małej kostki dłoni. Porównania trzech preparatów sugerują raczej, że nosiciele trzech genomów należeli do tego samego gatunku, Homo sapiens, ponieważ dane genetyczne wskazują na ich krzyżowanie się. Tu znalazła się ta dziurka do podglądania archaicznej sypialni!

Z badań genetycznych wysnuto wniosek, że neandertalczycy i ludzie współcześni co najmniej trzy razy krzyżowali się w ciągu ostatnich 100 tysięcy lat. Krzyżowali się też z denisowianami. W Denisowej Jaskini zebrano 135 tysięcy drobniutkich szczątków kostnych (wymiary milimetrowe), z których 95% nie nadawało się do badań taksonomicznych. Z powodu wieku próbek ustalenia dla tej epoki stwarzają paleontologom trudności. I tu z pomocą przyszła rozwijana od niedawna metoda badawcza, nazwana zooarcheologią spektrometrii masowej (ZooMS). Użyto jej do analizy peptydów kolagenu, białka trwałego w archeologicznej skali czasu.

Kolagen jest głównym składnikiem tkanki łącznej, ścięgien, skóry, kości - u ssaków stanowi 25-35% białek ciała. Dziś rozróżnia się 28 typów kolagenów, człowiek ma głównie kolagen typu I. W tkankach występuje jako helisa trzech łańcuchów, złożonych w różnych proporcjach tylko z kilku (3-5) różnych aminokwasów, głównie proliny, hydroksyproliny i glicyny. Między różnymi gatunkami zwierząt występują konkretne różnice w budowie i składzie kolagenu - dzięki czemu znajdowane w wykopaliskach szczątki kości (zawierające określony typ kolagenu) można przypisać różnym zwierzętom. A może także różnym gatunkom ludzi?

Badacze, którzy postanowili odpowiedzieć na to pytanie, wybrali 700-800 próbek kosteczek z Denisowej Jaskini. Przeanalizowali je metodą ZooMS pod kątem rodzaju kolagenu. Znaleźli dowody na przebywanie w jaskini hien, mamutów, reniferów, włochatych nosorożców, ale… nie znaleźli śladów kolagenu hominidów. Po roku uporczywych analiz znaleziono jedną taką próbkę, z której Svante Pääbo oznaczył mitochondrialny DNA. Należała do dziecka, którego matką była neandertalka. Dalsze badania szczątków z Denisowej Jaskini - i w nich DNA jądrowego - doprowadziły do sensacyjnego znaleziska: jedna z próbek zawierała DNA w połowie neandertalski, w połowie denisowiański, co oznacza, że znaleziono kość osobnika z pierwszego pokolenia krzyżówek. (matka neandertalka, ojciec denisowianin). Z dalszych analiz wynikało, że była to 13-letnia dziewczynka.

Autorzy pracy piszą: "przez dziesiątki tysięcy lat ten drobny okruch jej ciała pozostawał nietknięty w osadach i tylko nowoczesna technika umożliwiła jego charakterystykę i tchnęła w niego nowe życie". A morał dla adeptów sztuki odkrywania archaicznego DNA brzmi: czasem na osiągnięcie sukcesu trzeba pracować kilkanaście lat, aby odnaleźć ten mikroskopijny fragment, który nazywamy potem sensacyjnym odkryciem. A można go nie odnaleźć - to jest jak igła w stogu siana.